Город расположен в 210 километрах к юго-западу от Будапешта и в 40 километрах от южной оконечности озера Балатон. В 15 километрах от города проходит граница с Хорватией. Через город протекает небольшая речка Канижа, приток Залы (бассейн Балатона). Надьканижа стоит на автомобильной и железнодорожной магистрали Будапешт — Загреб, причём в Надьканиже они расходятся — автомобильное шоссе идёт на столицу Хорватии через Чаковец и Вараждин, а железная дорога через Копривницу и Крижевцы. Другие автомобильные дороги ведут из Надьканижи в Капошвар и Залаэгерсег. Время пути на поезде до Будапешта — 4 часа.
В 30 километрах к северо-востоку от города расположен международный аэропорт Балатон-Шармеллек.